この問題はiOS10にて解決いたしました。
今日Javascriptを書いていた時にiOS9で処理が遅延するelementがいたので、記事に起こしてみた。
見ていただいたほうが早いと思うので、githubpagesでサンプルを公開してみた。
検証コードは末尾にあります。
this is fixed と this is absolute は同じクラス名で同じループ処理(forEach)です。
Gifアニメによる再現
キャプチャによる再現
下までスクロールし指を離さず上に上がってきてください。
描画後
真っ白である。 スクロールしていくと
スクロール時
いくつかのelementが現れる。 
display noneになる
特定位置までいくと検証用のelementが display:noneで消される 
上にスクロールする
absoluteなelementはみえるが、fixedなelementは見えない
※この時に指を離さずに動かす 
指を離す
指を離すとfixedなelementが表示される 
再現環境
この問題が再現できたのは実機にてiOS9のiPhone6 Plus及びiOS9.1 iPhone6sだけでiOS8のiPhoneやAndroid等その他の環境では確認できなかった。
PCブラウザでも確認できるようスクロールイベントも入れてあるので是非確認して欲しい。
そしてコメントがほしい。
検証コード
elseからif に戻ってきてdisplay blockされる際の挙動がおかしい。
